Para quienes necesiten trabajar con arboles en java les dejo un Proyecto que encontré en el SF.
Licencia LGPL

Binarios y fuente: http://sourceforge.net/projects/javatree/
Javadoc http://javatree.sourceforge.net/
Tip: Usen httrack pa bajarse el javadoc XD

Con respecto a los Collections de java 5, la Clase TreeSet, hace uso de la Clase TreeMap, y lo mejor es que implementa el Arbol red-black, garantiza O(log(n))

Espero les sirva.